牛海綿状脳症（BSE）は、国内では平成13年9月から平成21年1月までに36頭の感染牛が発見されました。しかし、牛の脳や脊髄などの組織を家畜の餌に混ぜないといった規制が行われた結果、平成15年以降に出生した牛からは、BSEは確認されていません。

日本でこれまで実施してきた飼料規制や特定部位（牛海綿状脳症（BSE）の原因となるプリオンが蓄積しやすい部位）の除去・焼却など安全対策の成果が国際的に評価され、平成２５年５月、日本は国際機関（OIE：国際獣疫事務局）から、「無視できるBSEリスク」の国に認定されました。
また、国内の牛海綿状脳症（ＢＳＥ）対策を開始して15年以上が経過し、国内外のリスクが大きく低下したこと及び内閣府食品安全委員会の食品健康影響評価の結果（平成28年８月）を踏まえ、改正牛海綿状脳症対策特別措置法施行規則が平成２９年４月１日に施行され、健康牛に係るＢＳＥ検査は廃止されました。