食肉衛生検査所では、家畜疾病の排除、有害残留物質対策、衛生指導（微生物制御）、検査結果のフィードバックなどの業務を行い、安全で衛生的な食肉の提供に努めています。

家畜疾病の排除

検査員（獣医師）が生体・内臓・枝肉などの各段階で1頭ごとに検査します。必要に応じて精密検査を行い、食用不適なものについては廃棄等の措置を行います。（「食肉の検査」をご覧ください）

有害残留物質対策

食肉中の抗菌性物質、駆虫薬などを検査し、基準値以上の残留が認められたものについては、廃棄等の措置をとるとともに家畜保健衛生所と連携をとり、再発防止に努めています。（「残留動物用医薬品等の検査」をご覧ください）

衛生指導（微生物制御）

O157やサルモネラ等の動物由来食中毒細菌により食肉を汚染させないために、処理工程における衛生管理について指導を行います。

検査結果のフィードバック

生産農家に対して検査結果を還元することで、健康な家畜の生産に活用していただいています。