昭和５７年
第五次愛知県地方計画において、東西２ヶ所に食肉流通センター設置が明示され、東部地区の施設として県、関係市町村、関係団体からなる第三セクターにより整備事業を開始する。
平成５年４月
豊橋市明海町に食肉処理施設を併設したと畜場（東三河食肉流通センター）として開設し、業務を開始する。
と畜場開業に伴い、同センター内に「愛知県食肉衛生検査所」を整備し衛生検査業務を開始する。
平成１１年４月
豊橋市が地方自治法の「中核市」に移行する。
市内明海町に設置されていた愛知県食肉衛生検査所の施設を購入し、豊橋市福祉保健部保健所に組織される。名称を「豊橋市食肉衛生検査所」として衛生検査業務を開始する。
平成１３年１０月
ＢＳＥ検査を開始する。
平成２２年４月
豊橋市の機構改革に伴い、福祉保健部が健康部に改編される。
平成２５年４月
食鳥処理及び食鳥検査に関する事務が生活衛生課から食肉衛生検査所に移管される。
平成２９年４月
健康牛のBSE検査を廃止する。
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